Samenwerking heeft een bestuur van (tenminste) vijf leden, gekozen door en uit de leden van Samenwerking. Elk jaar treedt 1 lid van het bestuur af.

De benoemingstermijn is vijf jaar, tenzij een bestuurslid wordt benoemd in de plaats van een tussentijds afgetreden bestuurslid. Het nieuwe bestuurslid krijgt dan de resterende termijn van het tussentijds afgetreden bestuurslid. Een bestuurlid kan besluiten herkiesbaar te zijn voor een tweede periode van maximaal vijf jaar. De maximale aaneengesloten zittingstermijn voor bestuursleden is tien jaar. 

Het bestuur kiest uit zijn midden een voorzitter, penningmeetser en secretaris. Het bestuur vergadert ongeveer tien keer per jaar en organiseert de vergaderingen van de ledenraad. Het bestuur wordt bijgestaan door een directeur die leiding geeft aan de administratieve en technische staf van Samenwerking. De directeur en de beleidsmedewerker verenigingszaken wonen de vergaderingen van het bestuur en van de ledenraad bij en hebben een adviserende stem.

Het bestuur bestaat uit de volgende leden, met tussen haakjes tot wanneer zij zijn benoemd: